可以肯定的告訴大家，正規的畢業論文查重是不包括參考文獻的，所以可以放進去一起，參考文獻并不在畢業論文查重范疇內。 不過參考文獻的格式要符合要求才能被系統識別到，否則該部分不會被排除到查重范圍外。 有些同學可能會問，為什么查重報告中自己的參考文獻部分被標紅了呢？
學術參考文獻一般不查重，而且論文的參考文獻是一般是不需要查重的，而且學術檢測系統時，就算把全部的論文上傳上去，學術檢測查重系統也是可以識別正確的目錄和參考文獻并剔除，不參與正文檢測。 但是也千萬不要圖省錢，把參考文獻哪些不參考查重的地方省略了。
根據已有研究成果及經驗，一般的基礎研究、理論研究論文引用的參考文獻數量在10篇左右，綜述性論文引用的文獻數量可以多一些，技術性、實驗性論文引用文獻相對較少。 參考文獻的選擇，應該根據文章的需要來確定，以數量最少、質量最優、作用最佳、成果最新為基本原則。
參考文獻是為編撰論著而引用的有關文獻信息資源，主要包括圖書、連續出版物、電子文獻、學位論文、論文集、會議錄、科技報告、專利文獻等。. 參考文獻是研究生撰寫學術論文不可或缺的組成部分，從公開出版物到非公開出版物、從紙質文獻到電子文獻可謂無所不包，研究表明，博士、碩士已發表文章篇均參考文獻分別為11.96篇、6.56篇。. 同時，參考文獻使用不當也會造成過高的文字復制比。. 筆者使用中國學術“科技期刊學術不端文獻檢測系統（AMLC）”、“社科期刊學術不端文獻檢測系統（SMLC）”對某地方高校學報2012年度共6期219篇研究生獨撰或以第一作者來稿的文章進行文字復制比檢測，統計結果如表１所示。. 注：本表中，因碩、博士研究生投稿數量及其學科專業分布差異較大，故未分類統計。.
