這是很多人疑惑的一個地方，畢竟參考文獻太容易重復了。 答案是： 學術查重對象不包括參考文獻，但你也不需要將參考文獻從論文中刪除。 以學術查重來說，可以肯定的是：查重對象是不包括參考文獻的。 而且，就算你沒有將參考文獻從論文中刪除，學術也是能正常識別出來參考文獻部分的，前提是你的論文結構是規范的，而且按照 規范格式 引用了參考文獻。 簡單來說，按照學校要求的大綱架構和參考文獻引用規范（GB/T-7714）去寫論文，學術都能識別出參考文獻部分，并在查重時自動剔除。 不僅是參考文獻部分，諸如論文封面、目錄、成果清單等內容也是不在查重范圍內的。 而且，在查重報告中， 不納入查重范圍的參考文獻、目錄等內容都會以灰色字體顯示，而正文則以黑色字體顯示。
學術參考文獻一般不查重，而且論文的參考文獻是一般是不需要查重的，而且學術檢測系統時，就算把全部的論文上傳上去，學術檢測查重系統也是可以識別正確的目錄和參考文獻并剔除，不參與正文檢測。 但是也千萬不要圖省錢，把參考文獻哪些不參考查重的地方省略了。 因為學術查重系統的算法會將你的論文和數據庫中已收錄的論文進行對比，從而得出你論文中哪些部分涉嫌抄襲。 所以整篇上傳，得出來的論文檢測結果才是最準確的。 二、學術參考文獻查重飄紅是怎么回事？ 不過有些人在用學術查重檢測時，卻發現自己的論文查重報告當中參考文獻、目錄或者甚至有些不查重的部分飄紅，出現我們通常所說的重復率，這又是怎么會事呢？ 出來這樣的原因可能有以下幾點：
封面、摘要、緒論、第一章、第二章、等等這樣一系列的都會各自分成一個片段來檢測，每一個片段都計算出一個相似度，再通過這樣每章的相似度來計算出整篇論文的總重復率。 當學術查重系統識別到你論文中有某句話涉嫌抄襲的時候，它就會對這句話的前面后面部分都重點進行模糊識別，這個時候判斷標準就變得更嚴格，僅僅加一些副詞或虛詞 (比如“的”、“然后”、“但是”、“所以”此類詞語）是能夠識別出來的。 在學術查重進行中，檢測系統只能識別文字部分，論文中的圖片、word域代碼、mathtype編輯的公式、是不檢測的，因為檢測系統尚無法識別這些復雜的內容格式。
但是像我所在的浙江大學，學校為學生購買了學術查重服務，并集成到研究生管理系統了，而且， 用于查重的論文版本也是最終送審的版本 。 這意味著，刪除參考文獻是不可取的，因為送審版本是需要包括參考文獻的。
