按照學術查重的算法，參考文獻格式不正確，學術是直接安排正文內容查重，故會出現將參考文獻納入查重率中。 正確的參考文獻格式應是如此： 在論文中的引用處以右上標 (小四宋體)加方括號的方式表示，不得標注在各級標題之上。
而且，在查重報告中， 不納入查重范圍的參考文獻、目錄等內容都會以灰色字體顯示，而正文則以黑色字體顯示。 通過這點，也可以幫助我們判斷學術是否成功識別了參考文獻等無需查重的內容。
但是像我所在的浙江大學，學校為學生購買了學術查重服務，并集成到研究生管理系統了，而且， 用于查重的論文版本也是最終送審的版本 。 這意味著，刪除參考文獻是不可取的，因為送審版本是需要包括參考文獻的。
